根据全自动固相萃取仪的特点，人们可以指定至少两套和液相色谱仪的方案，如果仪器不只这两个，还有其它的，那方案的数量就数不尽了。每更换一款液相色谱仪，方案就可以不同一次，如果再在中间加一个制备液相色谱仪，那方案的数量还得加一个。
第一种，就是两个仪器单独使用，但是液相色谱仪进样的样品是经过固相萃取仪处理过的，这样只要中间加一次人工参与的步骤就基本和全自动仪器没什么差别了。这个方案适用于那些，有的样品在进样之前还需处理一次的情况，比如需要另外加一份极性增强剂或者需要加热将易挥发的物质除去。因为萃取后的产品不能直接分析，萃取只能离线进行。不过自动收集瓶或者收集试管可以将每个萃取阶段的样品收集起来，以保证回收率，只要容器足够洁净，实验操作速度快就不会有样品损失和污染。有的萃取仪没有在线功能，即端口技术不强，那它只能作为处理样品的工具单独使用，而全自动固相萃取仪已经解决了这方面的问题。
第二种，其实在线萃取是用得比较多的方面。在使用萃取仪将杂质去除之后，将有效成分洗脱下来，然后就可以在衍生器中完成样品预处理工作，使样品的状态、浓度等各方面情况都符合色谱仪的使用规范，这样就可以直接通过进样器进入色谱仪了。这里需要注意，液相分析样品的时候要对它进行定量，即使是自动进样的样品也要定量，这里要求萃取处理的样品数量足够，这样进入到色谱仪的时候就可以抽取一定量的样品了，如果体积不够就可能导致抽空，不仅导致数据出现偏差还有可能损坏机器内部结构。